Tento nástroj umožňuje in silico návrh syntetických kvasinkových promotorů předpovídáním optimálních míst pro vložení vazebných míst transkripčních faktorů (TFBS).
Na rozdíl od knihoven syntetických promotorů, které ignorují přirozený genomový kontext, náš model využívá umělou neuronovou síť (ANN) natrénovanou výhradně na kvasinkových promotorech, aby navrhl rekombinace promotor–TFBS.

Hlavní vlastnosti:

• Určuje oblast pro vložení TFBS do promotoru (definovaného jako 400 bp před start kodonem).
• Upřesňuje rozsah přepsání promotoru potřebný pro úspěšnou integraci.
• Poskytuje vizualizaci rekombinované sekvence.
• Určeno pouze pro kvasinkové promotory (hlavní zaměření na Saccharomyces cerevisiae); predikce pro jiné organismy nemusí být spolehlivé.

Tento prediktivní přístup snižuje experimentální pokusy a omyly a umožňuje škálovatelné inženýrství regulačních sekvencí pro aplikace v syntetické biologii, metabolickém inženýrství a přepisování transkripčních sítí.

Nástroj vyžaduje čtyři vstupy, zadané do textových polí:

1. Sekvence promotoru
   • Zadejte DNA sekvenci obsahující pouze znaky {A, C, T, G}.
   • Podporovaná délka sekvence: přesně 400 bp.
     • Pokud kratší → chybové hlášení.
     • Pokud delší → nástroj automaticky ořízne na posledních 400 bp.
2. Sekvence TFBS (query)
   • Zadejte DNA sekvenci obsahující pouze znaky {A, C, T, G}.
   • Podporovaná délka sekvence: 8–64 bp.
     • Pokud kratší nebo delší → chybové hlášení.
3. Název promotoru (volitelný)
   • Libovolný textový štítek pro promotor.
   • Nemá vliv na predikci.
   • Zobrazuje se v názvu vygenerovaného grafu.
4. Název TFBS (volitelný)
   • Libovolný textový štítek pro TFBS.
   • Nemá vliv na predikci.
   • Zobrazuje se v názvu vygenerovaného grafu.
     

Po zadání všech vstupů klikněte na Submit.
Nástroj předpoví a zobrazí návrh syntetického promotoru s grafickou vizualizací pozice vložení TFBS a rozsahu přepisu promotoru.